Autogen ist eine Mischung aus Sauerstoff und einem Brenngas. Die häufigsten Brenngase sind Acetylen, Propan, MAPP, Propylen und Erdgas. Von diesen ist Acetylen am beliebtesten, weil es eine heißere Flamme erzeugt und etwas kürzere Lochstechzeiten als andere Gase hat.
Jedoch ist Acetylen ein instabiles und hochentzündliches Gas, das sehr empfindlich gegenüber Überdruck und Temperatur ist, und sogar gegenüber statischer Elektrizität. Eine Acetylen-Explosion kann Sachschäden von tausenden von Dollars und ernste Verletzungen bei jedem in der Umgebung verursachen.
Manche Plasmaanlagen, zum Beispiel die Powermax-Serie, werden typischerweise mit Druckluft betrieben, wodurch der Bedarf an entflammbaren Gasen entfällt. Die Hypertherm-Plasmaanlagen HPR und HSD können eine Vielfalt von Gasen (einschließlich Luft) einsetzen, am häufigsten wird Sauerstoff und Stickstoff verwendet. Diese Gase sind stabiler als Acetylen und erfordern weniger Sonderbehandlung.
Obwohl alle Arten des thermischen Schneidens etwas Dämpfe und Lärm erzeugen, ist eine mögliche Option für diejenigen, die einen Schneidtisch und eine Maschinenplasmaanlage einsetzen, ein Wasserschneidtisch, wodurch Dämpfe und Lärm beträchtlich reduziert werden. Die meisten Autogenarten können nicht auf einem Wassertisch eingesetzt werden, weil dies potenziell explosive Umstände erzeugt.